V průběhu 90. let se v rámci řešení energetických dokumentů pro větší územní celky, na jejichž financování se podílel Státní fond životního prostředí, začal objevovat požadavek na tvorbu akčních programů ochrany ovzduší a klimatu. ENVIROS se podílel na zpracování akčních programů společně s energetickými koncepcemi pro okresy Kladno, Karlovy Vary, Svitavy, Uherské Hradiště. V posledních letech pracoval ENVIROS na tvorbě dokumentů požadovaných zákonem č. 86/2002 Sb., o ochraně ovzduší, tedy programů snižování emisí a zlepšování kvality ovzduší pro Zlínský kraj a město Ústí nad Labem. Společnost byla také nositelem řešení Generelu ovzduší – programu snižování emisí a imisí pro město Brno.
Společnost ENVIROS je dlouholetým spolupracovníkem ČHMÚ a MŽP v oblasti ochrany klimatu. V letech 2001 a 2003 zpracovala projekce emisí skleníkových plynů pro Národní sdělení České republiky k Rámcové úmluvě OSN o změně klimatu. V rámci programů VaV se podílela na analýze dopadů ekologických daní. Dále poskytuje datovou podporu ČHMÚ pro účast v programech IIASA zaměřených na ochranu klimatu.
Vymezení územní energetické koncepce, její obsah a referenční projekty společnosti ENVIROS naleznete nyní na samostatné stránce věnované územním energetickým koncepcím.